Nel 2023 Favignana si è aggiudicata 3 vele (Guida Blu Legambiente) che premiano lo stato di conservazione del territorio, la qualità dell'accoglienza e della sostenibilità turistica e la presenza di siti di interesse culturale, come il Castello di Santa Caterina
L'Area Marina Protetta di Favignana è il cuore pulsante della biodiversità marina. Con oltre 200 specie di pesci e 150 specie di flora e fauna marine, il mare intorno all'isola è un vero e proprio santuario ecologico